well,我们很多基本的操作都属于I/O流
假设你只是一个黑盒子用户的话,大概只需要调取参数,获取自己所需的文件然后进行下一步操作即可
我们现在就来看下python的I/O流
读取一个文件
我们以
1stp.pdb
这个蛋白为例下载地址在这里:http://www.rcsb.org/structure/1STP
1
2# 我们可以直接使用python自带的os函数打开
In [1]: f = open('1stp.pdb','r')
其基本形式为
1 | f = open(文件名,打开模式) |
这里有一份来源于菜鸟教程的,使用不同模式打开文件的说明
当然,你并不需要全文背诵,只需要知道几个常用值就好:
模式 | 描述 |
---|---|
t | 文本模式 (默认)。 |
x | 写模式,新建一个文件,如果该文件已存在则会报错。 |
b | 二进制模式。 |
+ | 打开一个文件进行更新(可读可写)。 |
U | 通用换行模式(不推荐)。 |
r | 以只读方式打开文件。文件的指针将会放在文件的开头。这是默认模式。 |
rb | 以二进制格式打开一个文件用于只读。文件指针将会放在文件的开头。这是默认模式。一般用于非文本文件如图片等。 |
r+ | 打开一个文件用于读写。文件指针将会放在文件的开头。 |
rb+ | 以二进制格式打开一个文件用于读写。文件指针将会放在文件的开头。一般用于非文本文件如图片等。 |
w | 打开一个文件只用于写入。如果该文件已存在则打开文件,并从开头开始编辑,即原有内容会被删除。如果该文件不存在,创建新文件。 |
wb | 以二进制格式打开一个文件只用于写入。如果该文件已存在则打开文件,并从开头开始编辑,即原有内容会被删除。如果该文件不存在,创建新文件。一般用于非文本文件如图片等。 |
w+ | 打开一个文件用于读写。如果该文件已存在则打开文件,并从开头开始编辑,即原有内容会被删除。如果该文件不存在,创建新文件。 |
wb+ | 以二进制格式打开一个文件用于读写。如果该文件已存在则打开文件,并从开头开始编辑,即原有内容会被删除。如果该文件不存在,创建新文件。一般用于非文本文件如图片等。 |
a | 打开一个文件用于追加。如果该文件已存在,文件指针将会放在文件的结尾。也就是说,新的内容将会被写入到已有内容之后。如果该文件不存在,创建新文件进行写入。 |
ab | 以二进制格式打开一个文件用于追加。如果该文件已存在,文件指针将会放在文件的结尾。也就是说,新的内容将会被写入到已有内容之后。如果该文件不存在,创建新文件进行写入。 |
a+ | 打开一个文件用于读写。如果该文件已存在,文件指针将会放在文件的结尾。文件打开时会是追加模式。如果该文件不存在,创建新文件用于读写。 |
ab+ | 以二进制格式打开一个文件用于追加。如果该文件已存在,文件指针将会放在文件的结尾。如果该文件不存在,创建新文件用于读写。 |
在我们打开文本对象之后,下一步该做的就是提取字符串
1 | In [4]: f_str = f.read() |
当执行完成操作之后记得要关闭此对象
1 | In [6]: f.close() |
此时,你便获取了一部分文字
现在就可以对其进行编辑,增加删除,然后输出
此时,我们需要再次打开一个写入对象
1 | In [6]: f_new = open('out.pdb','w') |