Python每日一谈｜No.20.实例.1-PyMol.1-导入蛋白，创建蛋白

已经写到20了，我知道你们也有点烦了

姑且认为以前的都会了吧

今天写PyMol

然后这次水一波PyMol

1. 安装

   • 官网：https://pymol.org/2/

   • 开源版本：https://sourceforge.net/projects/pymol/

   • 或者假设你已经安装了conda

   ​ 命令行安装：conda install -c schrodinger pymol-bundle

2. 使用

   当然你可以在某一环境下，直接输入pymol，打开可视化界面

   类似于这样

   当然，这并不是我们的主题

   

   这次，直接打开ipython

   我的使用界面

   

3. pymol 的api

   api：看下释义，懒得解释

   API（Application Programming Interface，应用程序接口）是一些预先定义的接口（如函数、HTTP接口），或指软件系统不同组成部分衔接的约定。 [1] 用来提供应用程序与开发人员基于某软件或硬件得以访问的一组例程，而又无需访问源码，或理解内部工作机制的细节。源于百度百科

   其实，就是pymol给我提供了一些简单的接口命令，让我们可以更加方便的使用

   首先，来获取一个蛋白

   # 导入pymol
   In [1]: import pymol
   
   In [2]: Feature has expired.
   Feature:       PYMOL_MAIN
   Expire date:   01-nov-2020
   License path:  /Users/sujiaqi/.pymol/license.lic:
   FlexNet Licensing error:-10,32
   For further information, refer to the FlexNet Licensing documentation,
   available at "www.flexerasoftware.com".
   # 看下帮助指令
   In [14]: help(pymol)
   Help on package pymol:
   
   NAME
       pymol
   
   DESCRIPTION
       PyMOL Molecular Graphics System
       Copyright (c) Schrodinger, Inc.
   
       Supported ways to launch PyMOL:
   
         If $PYMOL_PATH is a non-default location, it must be set and exported
         before launching PyMOL.
   
         From a terminal:
   
           shell> python /path/to/pymol/__init__.py [args]
   
   # 获取蛋白3nss
   In [5]: pymol.cmd.fetch('3nss')
    PyMOL not running, entering library mode (experimental)
    ExecutiveLoad-Detail: Detected mmCIF
   Out[5]: '3nss'
   # 查看object 
   In [10]: pymol.cmd.get_object_list()
   Out[10]: ['3nss']
   # 将object保存为fasta格式
   In [23]: pymol.cmd.save('3nss.fasta','3nss',format='fasta')
   >3nss_A
   SVKLAGNSSLCPVSGWAIYSKDNSVRIGSKGDVFVIREPFISCSPLECRTFFLTQGALLNDKHSNGTIKD
   RSPYRTLMSCPIGEVPSPYNSRFESVAWSASACHDGINWLTIGISGPDNGAVAVLKYNGIITDTIKSWRN
   NILRTQESECACVNGSCFTVMTDGPSNGQASYKIFRIEKGKIVKSVEMNAPNYHYEECSCYPDSSEITCV
   CRDNWHGSNRPWVSFNQNLEYQIGYICSGIFGDNPRPNDKTGSCGPVSSNGANGVKGFSFKYGNGVWIGR
   TKSISSRNGFEMIWDPNGWTGTDNNFSIKQDIVGINEWSGYSGSFVQHPELTGLDCIRPCFWVELIRGRP
   KENTIWTSGSSISFCGVNSDTVGWSWPDGAELPFTIDK
   >3nss_B
   SVKLAGNSSLCPVSGWAIYSKDNSVRIGSKGDVFVIREPFISCSPLECRTFFLTQGALLNDKHSNGTIKD
   RSPYRTLMSCPIGEVPSPYNSRFESVAWSASACHDGINWLTIGISGPDNGAVAVLKYNGIITDTIKSWRN
   NILRTQESECACVNGSCFTVMTDGPSNGQASYKIFRIEKGKIVKSVEMNAPNYHYEECSCYPDSSEITCV
   CRDNWHGSNRPWVSFNQNLEYQIGYICSGIFGDNPRPNDKTGSCGPVSSNGANGVKGFSFKYGNGVWIGR
   TKSISSRNGFEMIWDPNGWTGTDNNFSIKQDIVGINEWSGYSGSFVQHPELTGLDCIRPCFWVELIRGRP
   KENTIWTSGSSISFCGVNSDTVGWSWPDGAELPFTIDK
   # 然后，我们看下蛋白结构
   # 两条链，有离子，有水，有配体
   # 你打开pymol就好了，命令行下，我现在没有找到一个比较好的显示蛋白信息的方法

   然后，我们再来创建一个新的蛋白，使用fab指令

   In [8]: help(pymol.cmd.fab)
Help on function fab in module pymol.editor:
   fab(input, name=None, mode='peptide', resi=1, chain='', segi='', state=-1, dir=1, hydro=-1, ss=0, async_=0, quiet=1, _self=<module 'pymol.cmd' from '/Users/sujiaqi/miniconda3/envs/py3/lib/python3.7/site-packages/pymol/cmd.py'>, **kwargs)
 DESCRIPTION
   
        Build a peptide
    
    ARGUMENTS
    
        input = str: sequence in one-letter code
    
        name = str: name of object to create {default: }
    
        ss = int: Secondary structure 1=alpha helix, 2=antiparallel beta, 3=parallel beta, 4=flat
    
    EXAMPLE
    
        fab ACDEFGH
        fab ACDEFGH, helix, ss=1
   In [10]: pymol.cmd.fab('ACDEFGH', 'helix', ss=1)
   # 看下object列表
   In [11]:  pymol.cmd.get_object_list()
   Out[11]: ['3nss', 'helix']
   # 保存
   In [13]: pymol.cmd.save('helix.pdb','helix',format='pdb')
   # 你可以使用jupyter notebook进行查看，bio3d包
   # 也可以使用pymol直接打开进行查看

水文结束，see u.